距离假面骑士圣刃与各位剑士携手战斗保护世界，已经过去了8年。世界一派祥和宁静，众人都找到了自己的归宿与梦想。主人公神山飞羽真收养了8年前突然出现在书店门口的孩子——小陆；伦太郎与芽依打打闹闹，关系亲密；贤人有了一份翻译的工作，并和女朋友结菜谈婚论嫁中。但最近怪事频发，不断有剑士消失，身边人也想不起来他们的身影，这一切都和无铭剑虚无有关。原来是剑士们曾经的战斗波及了许多无辜的人，所以伦太郎的父亲篠崎真二郎、贤人的未婚妻结菜、飞羽真的好友间宫陆，决定复仇，让剑士消失。他们篡改了人们的记忆，渐渐抹去剑士的痕迹。但直到最后才发现，一起相处的时光无比美好，足以消弭仇恨。最终大家的记忆恢复，众人放下了仇恨，迎接美好的未来。

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《假面骑士圣刃》是令和假面骑士系列第二部作品，本作讲述了挥舞剑刃的骑士坚守友情，拯救世界的故事。城市的一部分街区突然消失，而消失的地方被传送去了另一个神秘世界，这样的怪异现象频繁发生。世界到底发生了什么异变？就在陷入混乱中的人们陷入绝望的时候，假面骑士圣刃出现了。假面骑士圣刃的变身者是小说家神山飞羽真，他童年时的玩伴露娜意外消失，飞羽真当时便与即将被吸入神秘世界的露娜定下约定，一定会救她回来。如今神秘世界再次出现在了神山飞羽真的面前，飞羽真为了遵守他与露娜的约定，决定站出来保护世界。他一次次打倒了怪人，让城市恢复原样，帮助人们回到原本的世界。在保护世界的过程中，他也结识了一群志同道合、志向远大的同伴，大家齐心协力，最终粉碎了邪恶势力的阴谋。让世界重归于和平。